Woda w fontannach wygląda na względnie przeźroczystą, przez co mylnie wydaje się nam, iż jest czysta i bezpieczna. Niestety woda w fontannach może być zanieczyszczona przez ptaki i inne zwierzęta (np. biorące kąpiel psy), a także być siedliskiem bardzo niebezpiecznych dla zdrowia bakterii chorobotwórczych.
Zagrożenie dla zdrowia może wiązać się przede wszystkim z piciem takiej wody, ale także z kąpielą lub zabawą w wodzie. Istotnym zagrożeniem może być również przebywanie w pobliżu wytwarzanego przez fontannę aerozolu. Orzeźwiająca mgiełka z wody może nas przyprawić nie tylko o problemy skórne, ale i prowadzić do zachorowań na legionellozę, przebiegającej jako zapalenie płuc lub gorączka Pontiac. Dlaczego? Wysoka temperatura wody (latem woda w fontannie nagrzewa się do 25-45°C), sprzyja rozwojowi bakterii Legionella w całej instalacji fontanny. Państwowa Inspekcja Sanitarna nie prowadzi nadzoru nad jakością wody w fontannach, stąd nie mamy żadnej pewności czy korzystamy z bezpiecznego źródła. Na pewno powinniśmy wystrzegać się fontann, w których woda ma zmienioną barwę oraz zapach.